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這種方法適用于對(duì)不宜加熱的液體和溶液的滅菌。過濾除菌的成分可以采用無菌操作加入到其他已經(jīng)加熱滅菌的成分中。過濾除菌還可用于過濾需要濾菌的空氣，例如發(fā)酵用的無菌空氣,盡管這種方法很難完全過濾空氣中的噬菌體。膜濾器在過濾除菌時(shí)使用最廣泛。
  膜濾器通常是由高效的多孔醋酸纖維素膜組成，因其孔隙率不同有廣泛的用途。與深度的過濾器相比，膜濾器是將比一定孔徑大的粒子留在其表間，因?yàn)槟ど献畲蟮目讖揭?br /> 比最小的殘留粒子小。截留的粒子只與膜孔徑的大小有關(guān)而不受靜電吸引或吸附作用的影響，所以生產(chǎn)廠給定的濾膜孔徑是影響過濾的惟一因素。膜孔徑的大小可以在一定范
圍內(nèi)有所變化，但生產(chǎn)廠必須提供準(zhǔn)確的誤差范圍。例如，過濾細(xì)菌最常用的濾膜孔徑為〔0.22 ±0.02)μm，這種濾膜可以用在具有較高相對(duì)壓差的正壓濾菌器中，在短時(shí)間內(nèi)完成過濾，而且不影響滅菌的效果。
盡管不同的濾膜生產(chǎn)廠家生產(chǎn)了各種不同級(jí)別的小孔濾膜，但對(duì)于細(xì)菌培養(yǎng)基等的

滅菌，所有過程的最后一步都應(yīng)用孔徑為0.22μm的濾膜除菌。用于細(xì)菌計(jì)數(shù)分離以及真菌學(xué)樣品分析的0.45μm的濾膜不能夠滿足細(xì)菌學(xué)無菌的要求。

過濾可分為負(fù)壓過濾(如抽濾)和正壓過濾。在樣品的微生物分析中，經(jīng)常會(huì)用到負(fù)
壓過濾法。但培養(yǎng)基、糖溶液、血清等的過濾除菌，最好采用正壓方式，主要有以下兩個(gè)原因：一是采用負(fù)壓濾菌需要一個(gè)帶側(cè)嘴的接收容器（如濾瓶），用以安裝吸管或者使用過濾附件。對(duì)于前者來說滅菌的液體要采用無菌操作再次轉(zhuǎn)移到最后的滅菌容器中，支路的濾器附件可使濾液直接濾入最后的滅菌荇器中，伹必須采取足夠的保護(hù)措施防止從真空裝盤倒吸的水、油和非無菌空氣，或由于容器密封不嚴(yán)造成的非無菌空氣的逬人。其中最后一點(diǎn)很難做到。采用負(fù)壓的第二個(gè)缺點(diǎn)朵最大絕對(duì)壓差是一個(gè)大氣壓(不可能達(dá)到)而采用正壓濾菌時(shí)，可使用更高的壓力，從而使過濾速度更快。